Die Schlosskirche als katholische Pfarrkirche

Als das Fürstentum der bayerischen Krone zugeschlagen wurde, übergab die Regierung im Zuge der paritätischen Konfessionspolitik Bayerns die Schlosskirche 1813 der katholischen Gemeinde, die erst im Jahr zuvor von Graf Montgelas zur Pfarrei erhoben worden war. Die katholische Pfarrei verließ damit ihr bisheriges Heim am heutigen Jean Paul Platz. Das Oratorium und das Pfarrhaus aus der Zeit von Georg Paul Finck wurden schließlich 1819  verkauft.  Mitgenommen hatte man aus dem alten Oratorium außer den Paramenten und liturgischen Gegenständen nur wenig, allein den Taufstein von 1808, den seinerzeit der Kommandant der Franzosen, General Legrand, gestiftet hatte. Orgel, Betstühle und den Säulenaufbau des Altars behielt man bei, letzteren dabei immer wieder verändernd. Seither erfuhr die Kirche immer wieder sehr als zeittypisch zu bezeichnende Überformungen, die das, was nur noch teilweise, aber immerhin an Original noch vorhanden war, endlich komplett ausmerzte. 1862 bis 1866 renovierte der kgl. Kreisbaurat W.A. Frank die Kirche mit einem Aufwand von 10.000 Gulden, eine Summe, die der Staat bereitstellte. Frank, zeittypisch überzeugter Anhänger alles „Gotischen“, zeigte für die vornehme Rokokokirche wenig Gespür und bewies seine Abneigung gegen alles „Welsche“ drastisch. Wichtigster Einschnitt dieser Renovierung war die Übermalung und teilweise Zerstörung der Deckengemälde Wilhelm Ernst Wunders, die Entfernung der Hofloge und der Verkauf der vergoldeten Rokokofiguren am Altar, die die Apostel Petrus und Paulus darstellten, sowie zwei anbetende Engel, an einen Bayreuther Professor Herzog für den Schleuderpreis von 3 Gulden. Nachdem bereits 1886/1887 zwei Seitenaltäre eingebaut wurden, erfuhr der Altar bei einer erneuten Renovierung 1896 eine weitere Veränderung, die Stelle des seit 1856 den Hauptaltar zierende Ölbild der Himmelfahrt Mariens nach Guido Reni aus der Hand des Waischenfelder Künstlers Schröder nahm nun eine lebensgroße plastische Darstellung desselben Vorbildes ein, ein Werk des Bayreuther Bildhauers Behringer. 1957 wurde die Kirche, wieder sehr zeittypisch, mit dem erklärten Ziel renoviert, alles, was an das 19. Jahrhundert gemahnte, zu vernichten. Prominentes Opfer war die „süßliche“ Madonnenplastik von 1896, die aufgrund ihrer Größe tatsächlich zugeschnitten wurde, um in einem Dachboden verstaut zu werden. An die Stelle der Seitenaltäre setzte man in den Rokokobau ein gotisches Kruzifix aus Nürnberg, an die Stelle der „süßlichen“ Madonna eine ebenso gotische als Leihgabe aus dem Bayerischen Nationalmuseum. 1959 gelangte dann die jetzt noch vorhandene Traubenmadonna aus dem 18. Jahrhundert in die Kirche, eine lebensgroße Plastik, deren Herkunft wie Künstler unbekannt ist. Bereits 1969 erfuhr die Kirche eine erneute Sanierung. Grund war der Erwerb des angrenzenden Gontard-Palais, in dessen Erdgeschoss nun die Sakristei untergebracht werden konnte und die liturgischen Veränderungen im Gefolge des Zweiten Vatikanischen Konzils. Die umlaufende Empore der Hofkirche wurde unterbrochen, der Hochaltar samt der Madonna wurde direkt an die Nordwand angebracht, und ein Altar versus populum aus Kleinziegenfelder Dolomit aufgestellt. Im Jahr 2018 wurde die Kirche erneut generalsaniert. Bei dieser Sanierung sollten die Überformungen der letzten 200 Jahre behutsam relativiert werden, der Charakter der höfischen (Markgrafen)-Kirche vor allem durch die Bemalung der seit 1862 verwaisten Deckenspiegel wiederhergestellt werden.